上游引物是DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5'位有个磷酸，3'位是-OH，也就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。引物在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。我们已经知道3‘——5’这条链为负链，其引物为正向引物(又称为有义链引物。同样，互补链5‘——3’为正链，5‘——3'这条链的引物就叫做反向引物(又称为反义链引物。
f引物和r引物的区别是什么?
F：Forward primer 上游引物R：Reverse primer 下游引物。正向引物，反向引物。引物自身及引物之间不应存在互补序列。连续互补的碱基应该要少于4 个。引物应使其G值不要太高，G值越大，则双链越稳定。
引物长度和GC 含量要适中。引物长度大概为18~28 bp，但不应大于38 bp，引物过短会影响到扩增的特异性，太长的话其延伸温度将会大于74 ℃，不利Taq 酶的催化反应。若扩增产物为4~5 kb，引物最好不要少于24bp。
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